کلیسای فنایی مربوط به سدهٔ ۷ و ۸ ه. ق. است و در خوی، حومه شهر واقع شده و این اثر در تاریخ ۲۵ اسفند ۱۳۷۹ با شمارهٔ ثبت ۳۳۸۰ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این کلیسا در حومه شهرستان خوی در روستایی به همین نام و در میان خانه های روستایی قرار دارد . این بنا از قلوه سنگ و سنگ لاشه ساخته شده و قوس های جناقی آن از آجر و پوشش های گنبد آن سنگی است و محرابی به طرف شرق دارد . این کلیسا از نظر معماری و نقوش ترسیمی در محراب با بنای کلیسای مهلذان هم خوانی دارد و تعلق آن را به دوره صفویه تایید می کند . این نقوش که در اندود گچ به کار رفته است عمدتا نقوش اسلیمی گل و بوته است . طرفین محراب نیز دارای مقرنس کاری زیبایی است . این کلیسا توسط هیأت ایتالیایی در ردیف آثار متعلق به قرن 18 میلادی معرفی شده تصرفات انجام شده در بنای کلیسا که ضمن انجام فعالیتهای پژوهشی و مرمتی در کلیسا بچشم می‌خورد یک مورد حفاری غیرمجاز در جلوی محراب کلیسا و همچنین تخریب سنگهای ساختمان کلیسا توسط مردم محل بوده است.
