کلیسای نیکاغایوس مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، جلفا، محله قاراکل، کوچه خواجه عابد واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۰ خرداد ۱۳۸۲ با شمارهٔ ثبت ۹۰۷۱ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
کلیسای نیکوغایوس مقدس واقع در محلهٔ قاراگل در1630م بنا شده است. کلیسا با پلانی مستطیل شکل در جهت شرقی ـ غربی قرار گرفته و سقف و گنبد آن بر ستون های پهن متصل به دیوارهای جانبی تکیه کرده است. این ستون ها فضای داخلی کلیسا را به سه بخش مرتبط با یکدیگر تقسیم کرده اند. گنبد اصلی کلیسا با هشت نورگیر در بالای بخش میانی قرار گرفته. ناقوس خانه نیز در بخش غربی و بر روی سقف بنا واقع شده. در بخش شرقی نیز محراب با دو اتاقک چهارگوش در دو سوی آن قرار گرفته است.
مصالح به کار رفته در ساختمان عبارت اند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی بنا با گچ پوشانده و در برخی قسمت ها با خطوط هندسی تزیین شده اند. در سمت شمال شرقی کلیسا، نمازخانهٔ استپانوس مقدس واقع شده که در1774م ساخته شده است. در حیاط کلیسا نیز قبر خواجه میناس قرار دارد که به دستور نادرشاه کشته شد.