تالاب گاوخونی انتهایی‌ترین و پست‌تری نقطه حوضه‌ها‌ی آبخیز زاینده‌رود است و وضعیت خاک آن به طور مستقیم تحت تاثیر رسوبات حمل شده از کل حوزه که به طور عمده از آبرفت‌های دوران چهارم زمین‌شناسی می‌باشد، قرار دارد. علاوه بر آن فعالیت‌های مربوط به باد، آب زیرزمینی شور، پوشش گیاهی، پستی و بلندی، تبخیر شدید و شرایط اقلیمی از عمده‌ترین عوامل موثر در تشکیل، تکوین و تکامل خاکهای منطقه محسوب می‌شوند که اغلب در جهت افزایش شوری خاک تاثیرگذار بوده‌اند. تفاوت در درجه شوری خاکهای منطقه که محصول عملکرد متفاوت عوامل مذکور در بخش‌های گوناگون تالاب می‌باشند، از ویژگی‌های خاک‌شناسی آن می‌باشند. بر این اساس اگر بخواهیم در یک تقسیم‌بندی ساده اولیه خاکهای منطقه را از یکدیگر تفکیک کنیم، با توجه به میزان شوری می‌توان آن را به دو گروه عمده تقسیم کرد.
گروه اول شامل خاک های نواحی حاشیه‌ای تالاب در بخش‌های شرقی و جنوبی است که به علت بهره‌مندی از آب زیرزمینی بالا و متاثر از آب شور دریاچه، تبخیر شدید، خاصیت مویینگی و فعالیت بادها و آبراهه‌های نمکی که با خود نمک قابل ملاحظه‌ای را حمل می‌کنند، از درجه شوری فوق‌العاده‌آی برخوردار هستند. در این نواحی شوری تا بدانجا است که در ایام خشک سال لایه‌ای از نمک سطح خاک را می‌پوشاند و امکان رویش هر گونه گیاهی را (حتی گیاهان شورپسند) غیرممکن می‌سازد و در برخی از نقاط تا شعاع کیلومترها دورتر از دریاچه، زمین فاقد پوشش گیاهی است.
گروه دوم خاک‌هایی را شامل می‌شود که اغلب در ارتفاعات مشرف و مجاور تالاب و یا در بخش شمال و شمال غرب آن قرار دارند. خاک در ارتفاعات مجاور و از جمله کوه سیاه به علت پایین بودن سفره آب زیرزمینی کمتر تحت تاثیر شوری دریاچه قرار می‌‌گیرد، اگرچه بادهایی که از طرف دریاچه به این نقاط می‌وزند، آن را از شوری دریاچه بی‌نصیب نمی‌گذارند. شوری در این ارتفاعات بسیار جزیی است، به نحوی که پوشش گیاهی متنوعی از گیاهان یکساله که بردباری بسیار کمی نسبت به شوری دارند، عمده رویش‌های آن را در سال‌های پرباران تشکیل می‌دهند. همچنین در این گروه خاک نواحی شمال و شمال غربی تالاب به علت الحاق با آب زاینده‌رود که هر از چندگاهی آن را از آب تازه و شیرین بهره‌مند می‌سازد از شوری کمی برخوردار می‌باشد و این موجب شده پوشش گیاهی انبوه و متراکمی از گیاهان شورپسند از جمله گز، گنگ و . . . در این بخش از تالاب (جنگل‌زار) به وجود آید. بدیهی است شوری خاک بر اساس میزان آب ورودی رودخانه در طول سال متغیر بوده و در مقایسه با ارتفاعات در مجموع مقدار شوری آن بیشتر است، اما این شوری به آن حد نیست که از رویش گیاهان جلوگیری کند.
میرزایی (1378) در بررسی منشا شوری خاکهای شمالی و غربی تالاب گاوخونی تکامل خاکهای منطقه را تحت تاثیر عواملی همچون سفره آب زیرزمینی، مواد مادری، فرسایش و رواناب می‌داند. در این بررسی درجات مختلفی از خاکهای منطقه معرفی شده است. خاکهای با تکامل پروفیلی ضعیف‌تر که تحت تاثیر اقلیم فعلی، رواناب، فرسایش و آب زیزمینی قرار داشته و خاکهای نسبتاً تکامل یافته‌ت که تحت تاثیر اقلیم مرطوب گذشته به وجود آمده‌اند. PHهای اسیدی موجود در برخی از خاک های منطقه نیز به علت غلظت زیاد الکترولیت‌ها، کمبود کربنات کلسیم آزاد و در نتیجه وجود اسید آمینه‌های آزاد و یا احتمالاً با واکنش اسید سولفاتی که منجر به تشکیل گچ و اسید سولفوریک شده مرتبط می‌باشند. نتایج حاصل از تجزیه‌های پراش اشعه X بیانگر آن است که کانی‌های رسوبی خاک های منطقه شامل ایلایت، کلرایت، پالیگورسکایت، اسمکتیت و رمی کولایت، کائولینیت و کوارتز و کانی‌های تبخیری آن شامل هالیت، جیبسیم، تناردایت، بلویدایت و ولوویایت می‌باشد. تشابه کانی‌های رسوبی منطقه با مواد مادری نیز نشان می‌دهد که این کانی‌ها از مواد مادی به ارث رسیده است. همچنین بخشی از اسمکتیت و پالیگو رسکایت موجود در پروفیل‌های حاشیه باتلاق احتمالاً منشا اتوژنیکی داشته، زیرا شرایط لازم از جمله بالا بودن میزان الکترولیت‌ها و زهکشی ضعیف در آن مهیا بوده است.
مطالعات انجام شده نشان می‌دهد که عوامل موثر در تشکیل و تکوین خاکهای منطقه در نقاط مختلف آن به یک گونه عمل نمی‌کنند و موجب تفاوت‌های بارزی در ویژگی‌های فیزیکی و شیمیایی خاک در بخش‌های مختلف می‌شوند. به عنوان مثال فروغی فرد (1374) در بررسی تاثیر عوامل توپوگرافی و مواد مادری بر روند تشکیل نمک در خاکهای منطقه، کوه سیاه واقع در بخش شمالی را با منطقه‌ای معروف به یخچال در بخش جنوبی تالاب مورد مقایسه قرار داده است. بر اساس نتایج حاصل در کوه سیاه مواد مادری شامل مواد آتش‌فشانی و درونی است که نمی‌تواند تولید گچ و نمک کند و وجود مواد مذکور به خاطر بادهایی است که از نقاط مختلف این مواد را به کوه سیاه حمل می‌کنند. اما در منطقه یخچال منشا گچ و نمک موجود از مواد مادری است.
همچنین در محل کوه سیاه رسوبات حمل شده از نقاط مرتفع و پیشروی و پسروی دریاچه عملیات فرسایش و رسوب‌گذاری را مرتباً دستخوش تغییر قرار می‌دهد، در حالی که در منطقه یخچال ثبات بیشتر در لایه‌بندی نمونه های برداشت شده وجود دارد. نکته آخر این که تغییرات در میزان املاح در نمونه‌های برداشت شده در کوه سیاه و منطقه یخچال نشان می‌دهد که هرچند مناطق مذکور هر دو در حاشیه تالاب هستند، ولیکن میزان شوری و املاح در نزدیک کوه سیاه به مراتب کمتر از منطقه یخچال می‌باشد. این امر به خاطر ورود آب زاینده‌رود به بخش شمالی تالاب است.
