این بنا در کنار امامزاده محمد، در مجموعه تاریخی بایزد بسطامی واقع گردیده و از آثار جالب توجه قرن6 و 7 ه-. ق است؛ بدین معنا که در قرن 6 ساخته و در قرن 7 توسط غازان خان و الجایتو بازسازی شده است . این مسجد، از دو قسمت متمایز مردانه و زنانه یا دو شبستان عمود برهم تشکیل شده است . بنای قسمت مردانه، بر روی آثار مسجدی از دوره سلجوقی – همزمان با ساختمان منار 514 ه-. ق- قرار گرفته است . این بخش در اصل دارای پوشش گنبدی بوده که بعد از فروریختن در دوره قاجاریه، با پوشش مسطح چوبی جایگزین شده است . این پوشش امروزه بر روی شش ستون چوبی با سرستون های مقرنس قرار گرفته است . در اینجا، محراب گچبری بسیار نفیسی قرار دارد که با نقوشی هندسی، گیاهی، اسلیمی و گل های چهارپر تزیین شده است . بخش فوقانی محراب را با کتیبه هایی به خط ثلث و نستعلیق، در دوره ایلخانی و قاجاریه آراسته اند . بر یکی از کتیبه های ایلخانی این محراب، نام معمار" عمل محمد حسین بن ابیطالب المهندس بناء الدامغانی" خوانده می شود . ارتفاع این محراب، 9/3و عرض آن، متر 3/3 است . یکی دیگر از نفایس مسجد مردانه، درهای آن، مرکب از سه لنگه است که دولنگه آن به یکدیگر مربوط و قسمت سوم مجزا است . سراسر در مذکور، منبت کاری فوق العاده ظریف و هنرمندانه است . بالای سر این در، با آجر عبارات "الا اله الا لله محمدرسول الله " به خط کوفی نوشته شده است . قسمت زنانه مسجد به صورت یک سالن طویل و باریک است و در سقف آن – عمود بر امتداد سالن- گچبری های زیبایی مشاهده می شود که باتوجه به شیوه آن احتمالا کار مهندس محمدبن حسین الدامغانی است . محراب زیبای این قسمت نیز از لحاظ گچبری حایز اهمیت است . در سمت شرق مسجد با یزید و متصل به آن، منار بسیار زیبای 514 ه-. ق برجای مانده است . این مناره درحال حاضر، 14 متر ارتفاع دارد و شامل سه قسمت پایه، ساقه و کلاهک است . تزیینات منار شامل چند بخش متفاوت آجر کاری بسیار ارزنده با نقوش هندسی و گیاهی است . این منار دارای دو کتیبه آجری است که بر یکی، آیت الکرسی و بر دیگری که به طور واضح خوانده نمی شود، عبارت "سنه اربع عشر خمسمائه " نوشته اند . در قسمت فوقانی مناره به وسیله چند ردیف آجرچینی ظریف و هنرمندانه، تاج منار را پدید آورده اند . راه پله مارپیچ داخل منار، به وسیله روزنه هایی که در بدنه منارتعبیه شده، روشنایی می گیرد . قسمت فوقانی منار، حرکت و جنبش محسوسی دارد که احتمالا نتیجه حالت ارتجاعی چوب هایی است که در منتهی الیه دو جرز ساختمان کار گذاشته اند و بر روی آنها تا ارتفاع دو متر ساختمان منارادامه یافته است . در کاوش هایی که در دوره اخیر در کف مسجد مردانه بایزید صورت گرفته، بقایای مسجد دوره سلجوقی آشکار گشته است . این بنا به شماره 69 به ثبت تاریخی رسیده است .