این بنا درجنوب صحن مدرسه طالبیه و جانب غربی مسجد جامع واقع گردیده و به مسجد شیخیه نیز معروف است و سطح آن تقریبا یک متر ازسطح مسجد جامع بلندتر است. این مسجد، دو در و پنج پنجره دارد که همگی جدید هستند . از در ورودی اصلی وارد کفشکنی به ابعاد 6×7 متر و از آنجا وارد شبستان بزرگ مسجد می شوند . شبستان بزرگ این مسجد حدود 60 متر طول و26 متر عرض دارد . پوشش آن متشکل از 54 گنبد آجری بر روی چهل ستون سنگی کبود است . همه ستون ها، منشوری و دارای قاعده ده ضلعی و سرستون مقرنس یکنواخت هستند؛ به جز یک ستون بزرگ واقع درجلوی محراب که حجاری تزیینی مارپیچ و سرستون مقرنس پرکاری دارد و از شاهکارهای هنر حجاری به شمار می رود و ظاهرا باقیمانده بنای با عظمتی است که سابقأ درهمین محل برپا بوده است . تزیینات حجاری زیبای محراب نیز قابل مقایسه با ستون فوق الذکر است. دور تا دور مسجد دارای چندین طاقنما و خواجه نشین است که طول همه آنها 5/4 متر و عرض آنها مختلف است . فضای داخلی مسجد، ساده و تزیینات آن منحصر به احادیثی است که با رنگ روغنی سفید بر دور ستون ها نوشته شده است . در جانب غربی این مسجد، مسجد کوچکتری نیز بنا شده که ده ستون سنگی دارد و درزمستان ها مورد استفاده قرار می گیرد . در جنوب مسجد کوچک، حیاط سه گوشی وجود دارد که برف انداز هر دو مسجد محسوب می شود . این مسجد درطی سالهای 1235 و 1240ه-. ق توسط ملامحمد ممقانی ساخته شده است . نامبرده، رئیس شیخیه بود و حجت الاسلام نامیده می شد . وجه تسمیه مسجد نیز نام اوست .
