بنای اصلی مسجد را از کارهای دوره سلجوقی می‌دانند که نادرشاه افشار نیز به نوبه خود، بیوتات و ایوان‌های اطراف آن را ساخته‌است. در اطراف پیشخوان مدخل مسجد، کتیبه‌ای سنگی به خط نستعلیق مربوط به دوره قاجار نصب شده‌است.
مسجد کبود گنبد، یا مسجد جامع بنای مذهبی است که مورد احترام و توجه اقوام مختلف در طول تاریخ شهرستان کلات نادر بوده‌است و به همین علت، کاملترین هنر هنرمندان در خدمت معماری و تزئین نقوش این بنا بکار رفته‌است.
این مسجد چهار ایوانه، دارای گنبدی دو پوشه و نیلگون، صحن و طاق می‌باشد و ساقه گنبد استوانه‌ای شکل و فضای زیر گنبد یک هشت ضلعی منظم است و طول هر ضلع آن حدود ۴ متر می‌باشد. صحن مسجد مستطیل شکل با عرض ۱۹ متر و طول ۲۷ متر است. استفاده از کاشی هفت رنگ، مهم‌ترین عامل تزئین در بنای مسجد کبود گنبد شهرستان کلات نادربوده، که با استفاده از نقوش اسلیمی و گل و بوته در لچکی‌های بالای ایوان و رواق‌ها به کار رفته‌است.
بنای اصلی مسجد را از کارهای دوره سلجوقی می‌دانند که نادرشاه افشار نیز به نوبه خود، بیوتات و ایوان‌های اطراف آن را ساخته‌است. در اطراف پیشخوان مدخل مسجد، کتیبه‌ای سنگی به خط نستعلیق مربوط به دوره قاجار نصب شده‌است که حکایت از تعمیر مسجد در این دوره توسط یلنگ توش خان ابن فتحعلی، حاکم کلات به سال ۱۲۵۰ هجری قمری است. چند بیت از ابیات کتیبه مسجد کبود گنبد:
در زمان شهنشه ایران شاه بن شاه تا به جد ونیا
شاه گردون وقار، فتحعلی خلد والله ملکه ابدا
ابن فتحلی یلنگ توش خان رفع الله دام عزه و علا
افتخار قبایل اتراک پیرو خاندان آل عبا
عجلوا الصلات قبل الموت۱۲۵۰ هست تاریخ این خجسته بنا
نظرات بسته شده است.