این کلیسا در جنوب خیابان خواجه نظر و در محلهٔ هاکوپجان قرار گرفته و در1614م بنا شده. پـلان کـلیـسای استـپانوس مـقـدس، کـه بـزرگ تـریـن کلیسای اصفهان است، با ابعاد 17 x34متر به سبک بازیلیک ستون دار در جهت شرقی ـ غربی قرار گرفته. گـنـبـد کـلیسـا، کـه دارای هـشت نورگیر است، به وسیلهٔ قوس هایی به چهار ستون بنا و دیوارهای جانبی تکیه دارد و دو گنبد کوچک قوسی شکل نیز در دو طرف گنبد اصلی قرار گرفته اند.
محراب کلیسا در قسمت شرقی بنا دارای دو اتاقک چهارگوش در دو سمت آن و یک گنبد قوسی شکل کوچک است. مصالح به کار رفته در ساختمان عبارت اند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده اند و نقاشی های دیواری بسیار کمی دارند اما چلیپاسنگ هایی در دیوارهای داخلی و خارجی کلیسا نصب شده است. برج ناقوس خانه در قسمت شمال شرقی کلیسا و بر روی سقف آن قرار دارد. در امتداد دیوار شمالی بنا هم ستون هایی با مصالح آجر و خشت ساخته شده که با قوس هایی به یکدیگر و به دیوار کلیسا متصل اند. در حیاط جنوبی کلیسا نیز نمازخانه کوچکی به نام مریم مقدس قرار دارد.