این کلیسا که به نام زادگاه حضرت عیسی مسیح بیت اللحم یا اورشلیم نامگذاری شده است جنب میدان بزرگ واقع در خیابان نظر محله جلفای اصفهان،در مجاورت کلیسای حضرت مریم مقدس، در سال 1628 میلادی توسط خواجه پطرس ولیجانیان، تاجر نامی روزگار صفوی بنا گردید. کلیسای بدخهم دارای ساختمانی مرتفع و با شکوه است و صاحب بزرگترین گنبد در میان کلیساهای جلفای اصفهان میباشد. پلان کلیسا مستطیلی شکل با سمت شرق به غرب است که از نوع تالارهای گنبد دار معماری ارمنی بوده ولی نمای خارجی آن نمایانگر سبک معماری ایرانی است. کلیسای بدخهم دارای گنبدی دو لایه است که تمامی سطح داخلی آن با آب طلا تزئین شده است.
بر روی گنبد هشت نورگیر تعبیه شده است و خود گنبد توسط چهار قوس که به چهار ستون بزرگ متصل است به دیوارهای شمالی و جنوبی بنا اتکا دارد. سمت غربی بنا دارای ایوانی دو طبقه است که ورودی اصلی کلیسا در این سمت قرار دارد. در بالای قسمت داخلی ورودی اصلی بالکنی قرار دارد با پلکانی در سمت جنوبی ورودی، ورودی دوم کلیسا در قسمت جنوبی آن واقع است. محراب کلیسا که در قسمت شرقی بنا قرار دارد دارای دو اطاقک مستطیلی شکل در دو سوی آن میباشد. مصالح بکار رفته در بنای این کلیسا خشت و آجر است.
دیوارهای داخلی این کلیسا که با گچ اندود شده است پوشیده ازنقاشیهای آبرنگ با موضوعاتی برگرفته از کتاب مقدس انجیل است. تزئینات داخلی کلیسا از کاشیهای هفت رنگ با زمینه نیلی و آبی است، دیوارها و گنبد کلیسا از تزئینات و نقاشی رنگ روغن زیادی بهره برده است ، تصاویر نقاشی شده بسیاری که گویای داستانهایی از کتب عهد عتیق و جدید میباشد وجود دارد. در گوشه سمت چپ قسمت فوقانی تصویر بهشت و تصویر خود خواجه پطرس نقاشی شده است. کلیسا در سال 1850 میلادی با خطر تخریب مواجه شد ولی در سال 1870 بوسیله هوان جان الیازیان مرمت و بازسازی شده و باین ترتیب از ویرانی نجات یافت. برج ناقوس در سال 1897 میلادی در بالای در ورودی باختری کلیسا ساخته شد. در حیاط کلیسا سنگ قبرهای بسیاری وجود دارد. از جمله آنها سنگ قبر خواجه پطرس و افراد خانواده او که تعدادی از این سنگ قبرها همراه با حیاط شمالی کلیسا به علت تعریض خیابان جانبی آن در سال 1936 میلادی به خیابان نظر منضم گردید. در سال 1970 به علت عبور ماشینهای سنگین از خیابان نظر گنبد کلیسای بدخهم ترک برداشت که به موقع توسط سازمان فرهنگ و هنر مرمت گردید.
این کلیسا در شهرستان اصفهان، خیابان شرقی، میدان بزرگ جلفا واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۷۶۴۳ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
کلیسای بیت لحم یکی از کلیساهای نسبتاً بزرگ شهر اصفهان است. این کلیسا بسیار نزدیک به کلیسای هاکوپ و کلیسای مریم مقدس و در شمال این دو کلیسا قراردارد. کلیسای بیت لحم در زمان حکومت صفویه و توسط شخصی به نام خواجه پطرس ولیجانیان ساخته‌شده است. خیابانی در محله جلفای اصفهان هم به نام خواجه پطرس نامگذاری شده‌است.
کتابی به نام «نگارنامه و راهنمای کلیسای بیت لحم جلفای اصفهان» درباره این کلیسا به چاپ رسیده‌است.