مجموعه کلیسای مریم و هاکوپ مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، محله جلفا، خیابان نظر شرقی، میدان بزرگ واقع شده و در حال حاضر خیابان توحید از مجاور آن عبور میکند. این اثر در تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۷۶۴۷ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.کلیسای مریم مقدس دومین کلیسای قدیمی شهر اصفهان است و در سال ۱۶۱۳ میلادی در زمان حکومت صفویه توسط یکی از تاجران آن دوران به نام خواجه آودیک ساخته شده‌است.
کلیسای مریم در محوطه‌ی میدان بزرگ جلفا روبروی کلیسای بتلهم ساخته شده است . اولین ساختمان این کلیسا در سال 1610 ساخته می‌شود که بعد از آن در سال هزار و ششصد و سیزده کاملاٌ ساخته می‌شود این کلیسا در سال هزار و ششصد و شصت و شش با نقاشی مزین می‌شود و کاشیهای دیوارهای آن بین سالهای هزار و ششصد و پنجاه و یک و هزار و ششصد و شصت و شش به تدریج نصب می‌شود این کلیسا بدون ستون برپا شده است .
این کلیسا دارای نقاشی‌های زیبایی است که بر دیوارهای نمازخانه نقش بسته‌اند در دیوارهای شمالی و جنوبی دو تابلوی رنگ روغن روی بوم وجود دارد اثر یک هنرمند ماهر ونیزی که توسط آقای گراک هدیه شده است که متعلق به سیصد سال پیش هستند . چون این کلیسا به نام حضرت مریم نام نهاده شده زنها با علاقه‌ی بیشتری به این کلیسا می‌رفتند در قدیم روزهای چهارشنبه دختران و زنها گروه گروه از محله‌های جلفا به این کلیسا می‌رفتند و چهارشنبه‌ی قبل از عید پاک بعضی‌ها پابرهنه به این کلیسا می‌آمدند تا با خوشحالی و شادی حضرت مریم شریک شوند و او را به خاطر قیام حضرت مسیح بشارت دهند . در قسمت شمالی محوطه‌ی کلیسا کلیساهای کوچکی به نام هاکوب مقدس وجود دارد که خیلی پیشتر از بنای اصلی کلیسا ساخته شده بود تا مردم در آن محل به دعا و نیایش بپردازند .
کلیسای مریم تا سال 1848 به جای ناقوس ، تخته‌ای داشت که از آن استفاده می‌شد ولی در همین سال یعنی هزار و هشتصد و چهل و هشت کشیش بارسق گالستانیان به هنگام بازگشت از هند با خود ناقوسی به جلفا می‌آورد و به جای ناقوس تخته‌ای نصب میکند . محوطه‌ی این کلیسا بعد از کلیسای وانک بزرگترین محوطه را داراست و مراسم بیشتری در این کلیسا برگزار می‌شود . این کلیسا دارای دو در ورودی است در شرقی و غربی که بیشتر از در غربی آن استفاده می‌شود در غربی دقیقاٌ روبروی در شرقی کلیسای بتلهم باز می‌شود .