مجموعه کلیسای مریم و هاکوپ مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، محله جلفا، خیابان نظر شرقی، میدان بزرگ واقع شده و در حال حاضر خیابان توحید از مجاور آن عبور میکند. این اثر در تاریخ ۱۷ اسفند ۱۳۸۱ با شمارهٔ ثبت ۷۶۴۷ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
کلیسای هاکوپ مقدس در محوطه کلیسای مریم مقدس قرار دارد دارای سالنی منفرد با محراب مستطیل شکل و سه گنبد کوچک است که گنبد میانی دارای گریل 8 ضلعی است. دیوارهای کلیسا تا ارتفاع 1.35 متر دارای تزئیناتی با کاشی لعاب دار هستند .که یادآور هنر معماری قرن 17 میلادی ایران می باشد.بخش بالایی دیوار به سبک شرقی- اروپایی متمایل به سبک ایتالیایی می باشند. کلیسای هاکوپ، یا کلیسای یعقوب مقدس، قدیمی‌ترین کلیسای شهر اصفهان است. سال ساخت این کلیسا ۱۶۰۶ میلادی است.در سال ۱۶۱۳ میلادی در اطراف این کلیسا، ساختمان کلیسای مریم مقدس را ساخته‌اند و در حال حاضر کلیسای هاکوپ در داخل کلیسای مریم مقدس و در ضلع شمالی آن قرار دارد.
پلان اولیهٔ کلیسا به شکل صلیب بوده که به علت تخریب بازوی جنوبی آن در1843م به شکل مستطیلی در جهت شرقی ـ غربی با ابعاد 2/12 x 9/3متر درآمده. سه گنبد کوچک قوسی شکل آن و سقف بنا بر روی قوس هایی تکیه کرده اند تکیه کرده اند که بر روی ستون های پهن متصل به دیوارهای شمالی و جنوبی قرار دارند. از سه گنبد کوچک بنا گنبد میانی نسبتاً بزرگ تر است. مصالح به کار رفته در ساختمان عبارت اند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی با گچ و دیوارهای خارجی با کاهگل پوشانده شده اند. در بالای ورودی اصلی کلیسا نیز دو کتیبه به زبان ارمنی مربوط به1607م وجود دارد