کلیسای نسطوریان ساسانی است به گمان باستان شناسان یگانه کلیسای باقی مانده از این دوران است که می توان آنرا نماد بارز تعلق خلیج فارس به ایران و ایرانی دانست. بقایای بجای مانده از این کلیسای که ضمن کاوشهای پروفسور گیرشمن فرانسوی در سال 1337 مورد بررسی قرار گرفت نشان می دهد که این جزیره در عصر ساسانیان میزبان جماعت بزرگی از نسطوریان بوده است. در آن زمان شهر بخت اردشیر یا ریشهر فعلی در دوازده کیلومتری بوشهر یکی از مهمترین مراکز مسیحیان ایران بود که تا جزیره خارگ فاصله چندانی نداشت. بندری که قدمت تاریخی آن به عهد ایلام می رسد و در آن زمان با عنوان لیان شناخته می شد. روستایی که بدست اردشیر ساسانی توسعه یافت.
پروفسور گیرشمن کلیسای نسطوریان را چنین توصیف می کند: کشیشان نسطوری خارگ به بهای کوششی بسیار، طولانی و طاقت فرسا کلیسایی زیبا بنا نهادند که با قطعات بزرگ سنگ تراشیده ساخته شده بود و صحن سه گانه ای به سبک ساسانی دارد که قسمت میانی آن از صحن های جانبی بزرگتر است. بلندی طاقهایی که سه قسمت صحن را می پوشاند محتملا می بایست در حدود شش هفت متر بوده باشد. از دیگر قسمت های این کلیسا می توان از محل همسرایان یعنی جایی که در کلیسا سرودهای مذهبی را می خوانند، محراب، خزانه جای نگهداری اشیایی که در عشاء ربانی بکار می رود، جامه خانه اطاقی که البسه و زیورآلات مخصوص تشریفات کلیسایی را در آنجا نگهداری می کنند، نام برد. از دیگر قسمتهای این کلیسا نیز می توان به تالار کتابخانه و تالار مجمع کشیشان نام برد. اطراف صحن کلیسا میدانگاه بزرگی است که خانه های صومعه را شامل می شود که مشتمل بر حدود شصت حجره است که هر یک دارای سه قسمت کوچک می باشد که یکی از آنها جای خواب می باشد. همچنین در چند صد متری کلیسا چندین ویرانه کوچک بفواصل زیاد از یکدیگر وجود دارد که خانه های کشیشان را شامل می شود.
این مجموعه کلیسا دارای تزییناتی گچی بوده که در کاوش های پروفسور گیرشمن بدست آمده است. نمونه های گچبری بدست آمده از خارک، پنج قطعه با نقوش گیاهی و نقش صلیب هستند که اکنون در مخزن موزه ملی ایران نگهداری می شوند. این گچبری ها مدتی پیش توسط موزه ملی ایران و در نمایشگاهی تحت عنوان تزیینات گچبری دوره ساسانی در معرض دید عموم قرار گرفته است.
اما آنچه اکنون موجب نگرانی دوستداران و کارشناسان میراث فرهنگی می شود عدم توجه کافی مبنی بر حفظ و مرمت میراث گذشتگان است بطوریکه کتیبه هخامنشی جزیره خارگ تنها در اندک زمانی پس از کشف تخریب گردید. اکنون با توجه به نهایی شدن طرح تبدیل جزیره خارگ به سایت موزه و موافقت شرکت نفت با تخصیص سه میلیارد تومان اعتبار به این پروژه ملی از مسئولین سازمان میراث فرهنگی و گردشگری انتظار می رود که با آماده سازی طرحی جامع از این کلیسا و دیگر آثار باستانی خارگ زمینه مرمت و حفظ این آثار ملی را فراهم کنند. مساعدتی که شرکت نفت برای اولین بار نیست انجام می دهد چرا که این شرکت برای اولین بار و بصورت داوطلبانه مقدمات سفر و پرداخت تمام هزینه کاوش های باستانی پروفسور گیرشمن در سال 1337 را فراهم گرداند.
در صورت مرمت و ثبت ملی مجموعه این کلیسا و باغ زیبای باستانی مجاور و قنات های اطراف این کلیسا بهترین پتانسیل و قابلیت را برای تبدیل شدن به موزه، مرکزی پژوهشی و یا مجتمع فرهنگی- باستانی را دارا می باشد. تاریخ ما را به خاطر سهل انگاریی نخواهد بخشید و شاید فردا خیلی دیر باشد.